ハウスメーカーや工務店で建築予定ですが、間取り相談だけ依頼できますか？

可能です。
ハウスメーカーや工務店の標準プランでは土地条件を十分に活かせない場合があります。
建築家に相談することで、採光や動線などを工夫した間取りを検討できます。
ただし、間取りだけの相談は受けていない建築家もいます。