「型式適合認定」と「大臣認定」との違いは何ですか？

どちらも国が関わる認定制度ですが、認定を出す主体が異なります。
大臣認定は国土交通大臣が直接認定するのに対し、型式適合認定は大臣から指定を受けた「指定認定機関」（日本建築センターなど）が認定を行います。
どちらも建築確認の手続きを簡略化する目的は共通していますが、別々の制度として整理されています。