３階建てのメリット・デメリット

まず３階建てが可能なエリアであることが大前提ですが、このような地域では建ぺい率と容積率が緩く、床面積を確保出来るというメリットはあります。

また、３層のフロアが可能なため、間取り（プラン）も自由度があり、２階を家族団欒スペースにしたり、スキップフロアも選択肢として可能です。
さらには、搭屋が必要となりますが、屋上スペースも確保出来ます。

眺望がいい場所であれば、３階の一部を屋外テラスとして設けることもメリットのひとつではないでしょうか？

以上がメリットになりますが、では逆にデメリットはどんなことが考えられるでしょうか？

まずデメリットとして挙げられるのは、上下階の移動（動線距離）でしょう。
１階から２階、２階から３階と階段による移動は、若い年代ではそれほど苦にならないですが、年齢を重ねるごとに階段での昇り降りは大変になるので、はじめからエレベーターを設置しておくか、あるいは将来エレベーターが設置出来るようにあらかじめスペースを確保しておくべきかもしれません。

このことにも関連しますが、３階建ての場合、木造、鉄骨造、鉄筋コンクリート造と構造にもよりますが、いずれにしても建設費が木造２階建てと比べて高くなり、工事期間も長くかかってしまう点は、デメリットとして挙げられるでしょう。

また、３階建てになると、建築基準法によって内装制限などより厳しい法規制がかかってきて建設費の上昇に繋がってきます。

住環境についてのデメリットとして、１階に居室を設ける場合、どうしても採光が確保しづらいという点が挙げられます。
３階建てが建てられる地域は、周囲も同様に３階建てが多く建ち、隣家との距離も少なく、
１階部分は道路側を除いて採光の確保が難しいので、居室を道路側に配置して水廻りや納戸などの居室以外を道路側以外の場所に配置する工夫が必要でしょう。

他にも、３階建ては高さがあるため外壁面積が多く、将来のメンテナンス費用（特に仮設足場の費用など）を考慮して、出来るだけメンテナンスフリーの外壁材を選択するといったことも必要でしょう。