内容が整理されていないので、わかりにくかったのですが　
市街化調整区域内の分家住宅を説明もなく購入してしまって困っているということですね。　
　
市街化調整区域は原則的に家を建てることができませんが　
農家や農家の息子などは開発許可を申請して家を建てることができます。　
　
ただ、その許可はあくまで農家であることを前提としたものなので　
法律的には他の方が住んだり建て替えたりすることは違法になると思います。　
　
　
■ここからは私の意見です　
　
もちろん、分家住宅でも必要があって売ることは可能と思いますが、　
その場合は事前に上記の事情を説明するべきと思います　
　
購入したのがいつですでに住んでいるかどうかなどが書かれていないので、わかりませんが　
　
・最近、購入してまだ住んでいない場合　
　
　不動産業者と売主に連絡して重要事項説明義務違反なので、　
　購入を取り消すという交渉をした方がいいと思います。　
　
・以前に購入してすでに住んでいる場合　
　
　売主または不動産業者の負担で用途変更などの手続きをしてもらうように　
　交渉した方がいいと思います。　
　
　
■ここから質問への回答　
　
> もちろん重要事項の項目にも乗っていません。こんなの有りなのですか？　
　
不動産業者には重要事項を説明する義務があります。　
　
そのひとつに　
「都市計画法 、建築基準法 その他の法令に基づく制限」という項目があります。　
　
私としてはその項目に該当すると思いますので　
重要事項説明義務違反になると思います。　
　
> そして追い討ちに役場から、用途変更をしないとだめです。といつて来ました。売る前に用途変更はすると思うのですが？いかがな物ですか？　
　
用途変更は買った人がやってもいいと思いますが、購入前に説明すべきと思います。　
今回はそのような説明を受けていないということなので、売主または不動産業者に連絡してどちらかの負担で用途変更の手続きをしてもらうように交渉した方がいいと思います。　
　
> 売主さんに交渉をしたいので価格を教えてください。　
> できましたら契約の際の分家の説明漏れについても違約金など請求できないか？　
　
用途変更にかかる費用は　
　
・既存の図面があるか　
・役所がどんな図面を要求してくるか？　
　
などによって違うので、一概に回答できません。　
　
今の段階では用途変更の手続きを自分で進めるよりも　
不動産業者または売主と交渉してできればそちらの負担で手続きしてもらったほうがいいと思います。